Ciao,
dato per scontato che credo in quello che ti stí capitando, ma siccome sono anche certo che è praticamente impossibile il fatto che ti accade, cerca nei dettagli.
Hai detto che le batterie sono sia in serie che in parallelo: è il più grosso errore che si possa fare. Dato che non è praticamente possibile che le batterie siano ESATTAMENTE alla stessa tensione, si stabilisce una corrente di scarica che alternativamente scorre tra una serie e l'altra delle batterie scaricandole inesorabilmente. Ora dato che le prove che hai fatto danno esiti diversi, non è che in uno dei due casi NON HAI le batterie collegate tra la carica e l'utilizzo mentre nell'altro si? ( es. qualche interruttore girato o il tappo che non collega elettricamente le batterie )?
In questo caso abbiamo trovato l'inghippo, altrimenti ho solo fatto un bel discorso.
Ciao e rispondimi che sono curioso se c'ho preso.
Gigi